1993. aasta sügisel andis Vene Föderatsiooni sõjamerelaevastiku hüdrograafiateenistus vastavalt riikidevahelisele kokkuleppele Eesti Veeteede Ametile (EVA) üle Eesti territooriumil paiknenud tuletornid ja –paagid. Valdav osa rajatistest vajas remonti või renoveerimist ning meresõiduohutuse tagamiseks nõutaval tasemel ka tuleseadmete väljavahetamist. Arvestades arenenud mereriikide kogemusi (eriti Rootsi ja Soome) töötati välja Eesti navigatsioonimärkide moderniseerimise kava. Koostöös TA Küberneetika Instituudi arendusbürooga EKTA alustati ka kohalikele tingimustele sobiva navigatsioonitulede automaatika- ja kaugseiresüsteemi väljatöötamist ning juba 1995. aastal selle testimist ja juurutamist. Sajandivahetuseks olid kõik EVA halduses olevad olulisemad navigatsioonituled automatiseeritud ning käesolevaks ajaks kõik tuletornid ja –paagid lülitatud ühtsesse seiresüsteemi. Valdav osa EVA halduses olevatest tuletornidest on ka remonditud ja ajaloolised tuletornid kas renoveerimisel (Mohni, Vilsandi) või renoveeritud (v.a. Keri ja Sorgu).

Tuletornide automatiseerimisega langes ära vajadus nende mehitamise järele, mistõttu käesolevaks ajaks on teenindav personal olemas veel ainult Ristna, Naissaare ja Narva tuletornides. Automatiseerimise tulemusena kadus ka vajadus tuletornide juures olevate kõrvalhoonete ja rajatiste järele ning EVA andis need vastavalt kehtestatud korrale üle kohalikele omavalitsustele. Tänapäeva tuletornides kasutatakse energiaallikatena päikesepaneele ja väikesi tuulegeneraatoreid.