Eesti saarte naiste koostöö sai alguse 1996. aastal tolleaegse Saaremaa Talupidajate Liidu tegevdirektori ja MTÜ Eesti Maanaiste Ühenduse (EMÜ) juhatuse liikme ning MTÜ EMÜ Saare Naised esinaise Laine Tarvise algatusel. Peamiseks koostöö vormiks said EESTI SAARTE MAANAISTE KOKKUTULEKUD, mis toimusid igal aastal erineval Eesti saarel vastava saare naisorganisatsioonide korraldusel (vt Naiskogu_kuni 2002)
Kui 1999.a novembrikuu alguses asutati Haapsalus Eesti Saarte NAISKOGU, siis tekkis küsimus selle ühenduse juriidilise staatuse kohta. Konsulteeriti MTÜ Eesti Saarte Kogu (ESK) inimestega (ESK juhatuse ja kaastöönõukogu koosolekul 21.01.2000), mille tulemusena otsustati iseseisvat juriidilist isikut mitte teha ja olla ESK juures asuv naisorganisatsioon. Vastav muudatus viidi ESK põhikirja sisse 2000.a suvel Piirissaarel toimunud üldkogul.
Alates 2003. aastast on korraldatud saarte pärimuspäevi / folklooripäevi vt lisatud kavad:
KÜSK-i poolt toetatud projekt “Eesti Saarte Kogu suutlikkuse tugevdamine” lõppes aprillis 2014
Rahvusvahelistest projektidest on olulisemad olnud:
Interreg IIIA projekt Vakka-Soome ja Väinamere jätkusuutliku kalamajanduse arengukava
Interreg IIIA projekt Tuletornid turismitooteks
INTERREG IV A projekt Green Islands
Interreg IVA projekt VIRTU